1945年8月25日，中共中央做出决定：由毛泽东偕周恩来、王若飞等赶赴重庆，进行和谈。准备随行的中央警卫团战士们都意识到：即使付出鲜血和生命，也要确保毛主席的安全!特别是担负主要警卫任务的颜太龙等人，他们的心里牢记着李克农的命令：“此次任务，关系重大。如果国民党特务掏出手枪来，那不是你们的罪过。但是刺客的子弹打出来，我可要你们的脑袋!”

　　毛泽东等人临行前，在延安机场，送行的人不断涌来。李克农亲自把守着机舱门，毛泽东来到机舱口，两人紧紧地握着手。“主席，您多保重……”李克农有些哽咽地说道。毛主席依然幽默风趣，“克农啊，男儿有泪不轻弹嘛!这回去重庆，刚好和分别20年的蒋介石见见面，有啥子不好嘛。你看看，你用这咸豆豆欢送我……”

　　28日晚8时。重庆林园官邸。蒋介石频频举杯向毛泽东敬酒，脸上露出略带尴尬的笑容。因为国民党的情报机构在毛泽东登机前，还向他汇报：毛泽东不会去重庆。毛泽东给他的最后复电，是在飞机上发出的。此时，毛泽东也在笑，笑容中包含着对李克农情报工作的满意和赞赏。

　　在毛主席房间发现炸弹

　　北平和平解放后，情势仍不容乐观。有资料显示，在当时的北平城内，仅国民党特务组织就有114个，职业特务达8500多人。

　　1949年2月，解放军举行了入城仪式。按计划，5月党中央就要正式进入北平了。然而，若不铲除这些特务、间谍组织，就不能保证毛主席和党中央的安全。

　　面对复杂局面，李克农首先清晰地分析了敌人的心理。他认为，面对浩浩荡荡的人民解放军，城中的敌特早已如惊弓之鸟，遂决定争取敌人主动自首，然后顺藤摸瓜，将暗藏的敌特一网打尽。李克农命令北平市公安局侦讯处，开展对国民党各系统特务分子的秘密自首登记工作。在不到两个月的时间里，前来自首登记的特务达2000多人。随后，北平公安机关根据自首人员提供的情况，展开大搜捕。北平城的状况有了明显好转。

　　尽管肃特工作成效显著，但仍有不少敌特人员潜伏在城内。为确保万无一失，李克农向中央建议暂时住在香山。在征得中央同意后，李克农就和北平市公安局秘书长刘进中一起赶往香山双清别墅，亲自检查毛泽东住所。

　　凌晨两点，获悉毛泽东已经出发前来的消息，他吩咐便衣队队长到毛泽东下车处进行保卫工作，自己留在别墅和战士们一起进行最后一次彻底清查。就在此时，李克农接到警卫战士一个惊人报告：在预备给毛泽东居住的房间一角，发现一枚炸弹!

　　按说，双清别墅有哨兵日夜看守，事先曾多次进行排查，应该是滴水不漏的。只是李克农心细，才让战士们进行最后一次检查，没想到真的出了问题。面对炸弹，在场所有的人都惊呆了。李克农大吼一声：“愣着干嘛!”大家很快回过神来，对中央首长的住处再次进行了全面检查。45分钟后，确信没有其他隐患后，毛泽东等人才进入各自房间。当年6月份，领导人搬进城里办公。但毛泽东依然对香山情有独钟，他白天在中南海，夜里仍回双清别墅休息。

　　对于发现的那枚炸弹，当时却一直没能破案。后来从一个被抓获的特务口中，李克农才了解了事情的真相。原来，香山上的一个老尼姑是国民党特务，炸弹就是她搞的鬼。可是，在警戒森严的双清别墅，她是如何进入毛泽东住处并放置炸弹的，至今仍是一个未解之谜。为此，李克农愧疚了很久。

　　坐镇板门店

　　1950年11月25日，毛岸英牺牲在抗美援朝战场。在得到毛岸英牺牲的消息后，毛泽东饱受丧子之痛的煎熬。“克农，我想过了，还是你把那件事告诉思齐（毛岸英妻子刘松林的小名）吧”，主席对李克农说，“我还点了你的将，要你去坐镇开城。”

　　李克农奉命出任谈判代表团党委书记