8月5日，孙中山离台前往日本。其间，日本政府曾致电台湾总督，要他劝孙中山转往日本以外的其他地方，但被孙中山拒绝。途中，他曾通过电报告诉日本友人犬养毅、头山满等人：“希在日暂住，俾便指挥。”

　　日本首相山本权兵卫，见劝说无效，准备接受袁世凯的要求，不准孙中山登陆，并要逮捕他。但是，和孙中山交好的犬养毅认为，日本政府不该因孙中山暂时的失败就冷待他。他决定亲自去找山本首相进行交涉。

　　8月9日，孙中山抵达日本神户港。神户水上警察署的事务长，带领警队登船搜查。船长郡宽四郎是孙中山的旧友。他机警地让孙中山躲进船长办公室的一间小屋，然后若无其事地把事务长请进办公室喝茶。3个小时过去了，警察们一无所获，只得悻悻地下船离开。孙中山就这样有惊无险地过了这一关。

　　几乎与此同时，在犬养毅的劝说下，日本首相最终同意孙中山上岸，但要求他不能公开走动。

　　但是，危险仍然没有消失。袁世凯在孙中山乘船离开福建时，就已发出密令，要求驻日大使馆组织暗杀团，在孙中山抵达日本后实施暗杀行动。一时间，刺客们四处活动，到处探听孙中山到达日本的确切消息。

　　8月17日，孙中山在几名日本便衣警察的护送下，辗转来到了日本首都东京。

　　在东京期间，孙中山隐居在头山满家隔壁的一座住宅内，4名便衣警察与他同住，提供不分昼夜的保护。所有来探望他的人，必须先经过头山满家的一个通道，然后由便衣警察征求孙中山的意见，“如同意见面……(访客)接受便衣警察的搜身，看是否暗藏有凶器及危险物品等，完毕后，再脱鞋……穿过十二三张榻榻米的走道，到孙文房间的外面，通报一声，打开房门，再进到孙文的房间。”

　　孙中山就是在这样的状态下，在东京住了两年零九个月，成功地避开了袁世凯的暗杀。

　　在广州遇叛变

　　在孙中山遭遇过的暗杀事件中，最惊险的一次发生在1922年。

　　当年6月中旬，广东军政领袖陈炯明背叛革命，决定发动叛乱。他秘密发出手令：16日凌晨3点进攻孙中山的官邸，凡捉住孙中山的官兵，奖赏大洋20万。

　　6月15日，从下午5点到晚上11点，孙中山就不断接到陈炯明要发动叛变的报告，但他一直不相信，坚决不肯撤离官邸。16日凌晨2点，官邸内的卫士们清晰地听到了叛军集合的号声。在反复劝说无效的情况下，卫士们强行给孙中山换上一件白布长衫、戴上一副墨镜，将他装扮成医生模样，在两名卫士的护送下离开。

　　当时，孙中山的夫人宋庆龄有孕在身，不便同行。离开前，他特意安排两名可靠的卫士负责保护夫人。

　　拂晓前，叛军开始攻击孙中山的官邸。仅仅五十余人的卫队毫不畏惧，一直坚守到下午4点。但叛军靠着优势兵力，发动强攻，最终从后门攻入。突围时，两名卫士由于过于紧张，竟将宋庆龄带进了陈炯明部队一个军官的住所。幸好这名军官富有正义感，帮助宋庆龄脱离了险境。经历这次奔波，宋庆龄腹中的孩子不幸流产。

　　在攻破孙中山的官邸前，守在外面的叛军，一直在等着孙中山乘车出来，以便进行狙击。但直到冲进去后，他们才发现，孙中山和宋庆龄都已逃脱。

　　陈炯明发动叛变，意味着广东也成了不宜久留之地。两个月后，孙中山离开广州，取道香港转赴上海。途中，他对身边的随行人员说：“一息尚存，此志不懈。”果然，仅仅半年后，孙中山的军队就重新杀回广州，夺回了对广东的控制权。