1928年冬，陈祖康与陈卓凡一起到上海找谭平山介绍他们加入中华革命党(即“第三党”)，并被委任为闽南地区党务筹备员，在漳州、厦门一带发展“第三党”组织。
1929年8月8日，红四军解放漳平城。12日，群众到陈祖康家杀猪出谷，放火烧毁其房屋。19日，红四军挺进闽中，陈即以国民党岩平宁剿抚特派员身份与张贞派的张汝劻旅乘虚进占漳平县城。他荐派心腹陈应标为漳平县长，捕杀革命人士陈福庆、苏振源、苏金等人。

    1930年，陈祖康到上海向“第三党”的邓演达汇报工作后，10月回漳州创办《回风报》，至1932年6月因资金不济而停刊。接着又参与“第三党”在漳州筹办《漳州日报》，受十九路军影响，宣传反蒋抗日。

    1933年12月13日，十九路军在福建成立的“中华共和国人民政府”委任陈为漳浦县长。

    1934年1月，闽南自治军司令胡捷进攻漳浦时，陈率部与之酣战，后得十九路军驰援，反守为攻。陈将胡枭首示众。

    1934年1月21日，“闽变”失败后，陈祖康避居长沙，以喝酒、打麻将消磨时光。后被长沙警备司令部的军统特务范裕厚拉入军统组织。

    1936年“两广事变”爆发后，他到湖南醴陵收集广西方面的动态，颇为得力，“成绩良好”， 旋被派回福建老家工作，先后担任福建警官训练所政训主任，驻闽绥靖公署情报处上校秘书兼一所所长，省保安处谍报股上校股长。在担任军统闽北站站长期间，曾查到一封日本台湾总督中岛满从香港寄给福建省政府主席陈仪的信并上报中央，吓得陈仪赶快把他的日籍太太送到长沙并表示对中央的忠诚。    1938年9月，经国民党福建省党部主任委员陈肇英介绍加入中国国民党。接着担任军统闽北站站长。此时，陈截获一封日本驻台湾总督中岛满给福建省政府主席陈仪的信。陈将信转报中央，与陈仪产生尖锐矛盾。后得戴笠之助，调任蒋介石成都行辕调查处第二股上校股长。

    1939年，陈祖康受派任军统上海站站长，从事情报工作，负责搜集日、汪、共情报。1939年秋，从陈公博那里获得了美国需要的日本剩余海军舰只的位置的情报，从而帮助美军飞机彻底解决了日海军舰队。

    抗日战争胜利前夕，陈祖康勾结日本高级军官破坏中共在上海日军下级官兵中的策反工作。随着抗战的即将胜利，为了保证国民党军队进入上海，他和日军高级军官勾结，破坏了共产党在上海日军下级官兵中的策反。

    抗战胜利后，他获得国民党当局的中勤嘉奖勋章。

    1947年，陈任华安“中美合作所”少将督察组长。同年11月，陈祖康返乡竞选所谓“第一届国民大会”代表，当选为代表。并与刘子明同时当选。

   大陆解放前夕，陈祖康携妻子随国民党逃到台湾，任国民党军少将。1960年，受命赴香港进行反共的情报工作。由于活动猖獗，1962年被香港当局逮捕入狱。释放回台后，仅靠国大代表薪俸及补贴维持生计。晚景不佳，著有《花落去斋诗词集》。

    1979年2月25日，陈祖康携在台湾病故，享年79岁。