全民族抗战时期和解放战争初期，在中共中央和毛泽东领导下，以周恩来为首的中共中央南方局根据国统区的实际情况和革命形势的发展变化、党组织的发展状况和党的建设内在需要，不断探索、改进和加强纪律建设，使国统区党组织始终保持强大的凝聚力、组织力和战斗力，为党的革命事业不断取得胜利提供了有力保障。

　　开展纪律教育

　　在国统区，南方局一方面积极贯彻党中央“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”十六字方针，另一方面严抓各级党组织的思想建设，创造性地开展党内教育活动。

　　1939年，南方局先后在重庆机房街70号和红岩嘴13号办了两期党员干部训练班，主要学习党的方针政策、党的建设等，研究和讨论群众工作与秘密工作，开展革命气节和纪律教育。5月18日，南方局作出《关于秘密工作的决定》后，对文件处理及党员必须遵守的事项方面作出18条规定，并用电报通知各省委和八路军驻各地办事处通讯处，要求各地“只能用口述不得用书面传达”。

　　皖南事变后，周恩来多次发表讲话，对留在重庆坚守岗位的人员反复进行保密和气节纪律教育。1941年1月17日晚，他教育大家一旦遭遇敌特袭击，被捕后要坚持不泄露党的机密，“如问你们是不是共产党员，男同志都承认，女同志承认是家属，因为我们是公开的共产党机关。问你们党的组织情况，可以告诉反动派，我们的中央在延安，主席是毛泽东，这里有个党支部，支委是周恩来、董必武、邓颖超，书记是周恩来。若再问别的，就一概不知，可以让他去问书记周恩来”。

　　整风时期，周恩来规定周四为“党日”或学习日。每逢这天，他要求所有在渝公开机关中层以上领导、《新华日报》编委以上干部以及曾家岩的干部都到红岩村集中学习，并“制定了加强组织纪律、遵守保密制度、反对自由主义和根据工作分工范围开展调查研究等办法”。当时，周恩来还设计了一道题：面对长期监禁你如何做到不变节？无论哪一级的干部都必须答题。写完后，周恩来、董必武、博古等都会仔细阅读，并作很多批示，然后逐个谈话。

　　模范遵守党的纪律

　　南方局要求党员干部不论情况如何变化，都要贯彻党中央的指示，坚决服从党组织的分配和调遣，遵守保密纪律。党员被捕后，不得轻易承认自己是共产党员，万不得已需要承认时，也绝不能暴露党的秘密和组织情况。

　　针对当时一些基层党组织的支部工作不健全，支部无法发挥实际作用等情况，南方局提出严格组织纪律，所有党员不分年龄、身份、资历，一视同仁的要求，强调“任何一个党员都要自觉地服从和执行支部的决议，响应支部的号召”。

　　一次，周恩来参加南方局青年组党小组的学习会，临近结束时，党小组长刘光请周恩来作总结。周恩来指出：“谁是我们的党小组长？该党小组长作总结。你对我这个党员有什么要求，给什么任务，我都接受。可是你要我代替你作党小组会的总结，不大合乎党规吧！”“党员，起码一条要参加一个组织，并在其中积极工作。在这里，你们，我，大家都是同志。开党小组会，我们都要受组长领导，难道有什么特殊党员吗？”

　　南方局机要通讯和秘密交通战线的党员，工作和生活环境十分艰苦，但他们始终自觉遵守纪律，严守秘密工作原则。重庆夏季炎热，办事处三楼房间又矮又小，屋顶天窗透光不通风，机要人员在此办公，男同志即使打赤膊仍汗流浃背。同时，由于来往电报很多，机要人员经常需要夜间工作。机要科科长童小鹏回忆，“由于大巴山、秦岭的隔断，加之经常下雨，空中联络干扰很大，而我们又缺少大功率电台，遇到天气不好，联络便很困难。为了使联络畅通，电台的同志们积极想办法，利用下半夜干扰少的有利条件突击工作。电灯不明，电压不稳，我们就自买器材安装变压器，升高电压；停电时就用人工摇手摇马达发电。这样不断克服各种困难，较好地完成了任务”。  

　　严格执纪与说服教育相结合

　　南方局十分重视将严格执纪与说服教育进行结合，使违纪者和被教育者增长党纪知识、提高觉悟，解决党纪方面的思想认识问题，增强维护和执行党的纪律的自觉性。

　　1939年，南方局发出《关于组织问题的紧急通知》，规定“一切组织和每个党员应绝对遵守最近南方局所发的秘密工作通知，并责成各级组织部经常监督与考察秘密工作的情况，凡违反与破坏秘密工作条例的组织与党员，必须受到处罚，直至把整个组织解散（重新改组）和开除党员出党”。

　　在工作纪律方面，南方局的规定事无巨细。做青年工作的何启君在一个周末晚会上将一件棉布大衣忘在办事处一楼救亡室会场，第二天早晨被组织部龙潜发现送还。开始他毫不在意，因为“一不是丢在红岩楼外面，二也没有密件放在大衣里”。结果他遭到龙潜的严厉批评，因为大衣里有一张小字条，上面写有一个联系对象的姓名与地址。很快党小组开会，何启君“先把这件事的前后经过汇报了一遍，然后就自我批评”。接着，刘光、龙潜严肃批评了他。“末了，还说：‘得给你一个党内警告。’”这件事成为何启君“不能忘却的一个教训”。

　　南方局有很多革命资历较长的同志，一些负责机关党支部领导工作的年轻同志很尊重他们，使他们中的一些人放松了对组织纪律的自我要求。周恩来了解情况后问张黎群，支部是怎么保证整风学习的。张黎群回答：“都是老革命，他们不用我们支部过问啊！”周恩来立即严肃指出：“支部要管，不要失职，要敢管老革命，老革命也要服从支部领导。”