当年7月，郭同薪和黄孝敏通过时任共青团福清中心县委书记陈振芳与中共福清县委接上了关系。他们到达福清后，立即恢复和整顿福清县的基层党组织。同年8月，成立中共福清中心县委，黄孝敏任书记，郭同薪等人为委员。同时，组建红军游击队福清大队，任政委，与刘突军（郭同薪）等一起领导创建罗汉里游击根据地。福清中心县委在黄孝敏、郭同薪等领导下，分头深入基层，开展农民运动。
    次年5月，中共福清中心县委和莆田中心县委合并成立中共闽中特委，王于吉任书记，郭同薪为委员并担任特委军事部长兼任闽中红军游击队第一支队政治委员。同年秋，郭同薪与副支队长吴德标等率领游击队到莆田县大洋攻打民团和铺差，缴获步枪40支、驳壳枪5支、机枪8挺和大量的子弹，俘虏了70多个敌人。此的游击区域也扩大到福清、闽候、永泰、莆田等4县的边境地区。红军游击队曾驻扎的天然“一夫当关万夫莫开”的莆田神仙洞，后来成了红色旅游胜地。
    又年2月，郭同薪率领游击队在福厦路尚书岭何庄桥又打了一个漂亮的伏击战，俘获了国民党福建省主席的内弟、福建省银行经理韩疆土和国民党大田县长萨福筹等30多人。为此，国民党福建省政府对红军游击队恨得咬牙切齿，并进行疯狂报复。同年2月至4月，调集了国民党正规军、保安团和4县“铲共团”常备队共3000多兵力“围剿”这支不足200人的红军游击队。国民党军强制群众带路，伐林烧山，步步为营，妄图把红军游击队一网打尽。面对国民党大军压境，郭同薪冷静沉着，决定把红军游击队分成若干小分队隐蔽活动，转战于深山密林之中，伺机打击敌人。他们时常以野菜树皮充饥，赤足行路，背靠背取暖，抱枪而眠。在艰难困苦的环境中，谁也没有被困难所吓倒。3月中旬的一天，郭同薪率领的小分队派出5人绕过国民党军的封锁线，迂回到双头坑，袭击了兵力较薄弱的国民党军阵地，打死7名国民党兵，使国民党军乱了阵脚，同时鼓舞了红军游击队的斗志。郭同薪率领红军游击队，牵着国民党军的鼻子在山上转了近两个月，然后又安全转移到莆田，与第二支队胜利会师。
    在艰苦的游击战争环境中，郭同薪以身作则，对战士关怀备至，而且善于耐心的做思想政治工作。那时，国民党军连续不断的对游击根据地进行“围剿”、“抄剿”，使红军游击队生活十分困难，稀粥拌野菜是他们的可口饭菜，而郭同薪总是先让战士们吃饱后再吃。敌情紧张时，部队露宿山野，甚至一夜转移几次，战士们已呼呼酣睡了，他却还在查铺巡逻，替战士盖好被子，对战士体贴入微。如果遇到有的队员犯了错误，他总是耐心细致地做说服教育工作；当看到受处分的指战员有了进步，就鼓励和表扬。他常对指战员说：“革命纪律要大家共同遵守，如果我犯了错误，你们照样处分我，一点也不能例外。”

    郭同薪善于做瓦解敌军的工作。这年夏，红军游击队袭击永泰县樟国民党平民团，游击队发起进攻后，民团兵龟缩在岗楼里，既不还击，又不敢出来。于是郭同薪带领两个警卫员携带传单至岗楼附近向民团兵宣传红军宽大俘虏的政策，揭露国民党欺压百姓，破坏抗日的罪状，并叫民团派人来拿传单。团兵不敢下楼，就把绑带从岗楼枪眼放下来，请游击队把传单绑好让他们拉上去。民团兵看了传单后，经过商量，把枪从窗口放下来，然后下耒投降。郭同薪向十几个民团兵进行教育后，发给他们路费，遣散回家。这次缴枪21支，手榴弹几十枚。
    郭同薪还十分重视群众工作和统战工作，每开辟一处新游击区，都要亲自和群众代表和当地开明绅士谈话。同年冬，游击队从老根据地转到莆田、永泰县交界的山溪、吉云一带。当地两派宗族不和，经常发生械斗，他便率领工作队，深入到双方群众中进行说服教育，使之消除了宿怨，停止了械斗，并在红军游击队的领导下，组成了抗日保乡自卫队。郭同薪还派人帮助山溪附近的歧西、黄龙等地的抗捐御匪的民间自卫武术团体组织“大刀会”消除了误会，共同对付国民党当局。此外，对地方绅士和保甲长，他也都尽可能与其谈心，晓以抗日大义，宣传红军宗旨和政策，与之建立统战关系。
    抗日遭奸谋。“西安事变”和平解决后，全国抗日民族统一战线迅速发展，中共闽中特委决定主动停止对国民党的军事行动。但是，民国26年（1937年）2月16日，在莆田洪度村召开特委会议，讨论抗日宣传工作时，不料叛徒向国民党当局告密，与会的中共闽中特委领导人王于吉、黄孝敏、余长钺、潘涛、陈炳奎等人相继被捕。郭同薪因随军行动没有接到开会通知而幸免于难。6月23日，国民党福建省当局秉承蒋介石加紧消灭南方红军游击队的指令，在福州市杀害了中共闽中特委领导人王于吉等人。面对这严重局势，郭同薪当机立断，立即主持召开地方和部队党员骨干会议，讨论对敌斗争的任务，并成立了中共闽中工作委员会，以接替特委领导。会上大家一致推选郭同薪为工委书记，苏华、黄国璋为委员。从此，他勇敢地挑起了闽中党组织领导和指挥革命武装队伍的双重担子。

    中共闽中工委成立后，郭同薪立即派黄国璋赴香港向中共南方工委汇报情况，使中共闽中组织在艰难的环境中及时地得到了上级党的指示。是年，抗日烽火燃遍了整个中国。中共闽中工委为了顾全大局，合作抗日，以忍辱负重的态度，主动敦促国民党地方当局停止内战、共同御敌，并把游击队改编为中华人民抗日救国义勇军第七路军第一纵队，为奔赴前线抗日作准备。根据中共南方工委的指示精神，中共闽中工委于8月下旬派代表同国民党当局在莆田县党部谈判，达成一致抗日的协议后，闽中红军游击队改编为国民革命军陆军第八十师独立大队，郭同薪（对外名字是：刘突军）任大队长，杨采衡任副大队长。全队200多人编为2个中队，驻在莆田广化寺。部队虽然换了番号，但仍独立建制，由中共闽中工委直接领导。
    11月，国民党当局以闽南局势紧张为由，令郭同薪率部到泉州驻防。当时有的人认为，部队不能离开根据地进入城市。但郭同薪认为：为了抗日，向闽南广大人民表示共产党对抗日的决心，还是应该把部队开到泉州去。
    到达泉州驻承天寺后，部队由于军纪严明和大声呼吁各界爱国人士团结起来，驱除日本侵略军，拯救中华而受到闽南广大人民的热烈欢迎，对泉州地区的抗日救亡运动起了积极的推动作用。国民党顽固派看到这支部队深受人民拥戴，因而惶恐不安，妄图破坏。他们不但制造谎言，而且还派人冒充郭同薪这支部队的人员，公然在郭同薪所属部队的防区内打家劫舍，嫖娼宿妓，妄图败坏红军游击队的声誉。为揭穿国民党顽固派的阴谋，郭同薪亲自率领小分队巡夜，当场抓住两个行劫的人。经审讯，原来他们是国民党第二百三十九旅某连的士兵，是其团部叫他们化装窜入民家行劫的。郭同薪非常愤恨，当即把这一事实真相公诸于众，然后把行劫者直接送交国民党军二三九旅惩处，给了国民党顽固派当头一棒。
    12月，黄国璋第二次从香港回来，传达了中共南方工委关于“要提高警惕，防止突然事变”的指示和关于把中共闽中工委划为中共闽粤赣省委领导的决定。于是，郭同薪又派黄国璋赴闽西向中共闽粤赣省委请示。民国27年（1938年）1月，新四军在福州设立了办事处，闽西的红军游击队也编入了新四军。黄国璋自闽西返回泉州后，传达了省委指示：省委同意向上反映，要求把闽中红军游击队编入新四军，在部队未编入之前，要特别提高警惕，以防发生意外。
    与此同时，国民党顽固派鉴于新四军已在福州设立办事处，深怕闽中红军游击队也被编入新四军。于是国民党军二三九旅旅长钱东亮设下圈套，假意宴请郭同薪。在酒席间，钱东亮对郭同薪说：“你很年轻，有胆识，我可以把你提升为中校，调到浙东前线抗日更有作用。”他企图用封官许愿的手段，不让这支红军游击队编入新四军。但遭到郭同薪的拒绝。钱东亮一计未成，又阴谋伺机杀害郭同薪。