会师后，革命的武装力量更加壮大了。不久，蒋介石调集了湘赣两个省的“进剿”军队，妄图消灭革命力量。面对来势汹汹的国民党军，粉碎国民党军的军事进攻是井冈山根据地军民的首要任务。王尔琢任中国工农红军第四军参谋长兼第二十八团团长期间，不仅协助毛泽东、朱德制定了适合红军的战略战术，而且还亲临前线直截指挥作战。王尔琢协助毛泽东、朱德指挥五斗江、草市坳和龙源口等战斗，率红二十八团英勇作战，粉碎湘赣两省国民党军的“会剿”，成为纵横井冈山的一员骁将，为保卫和发展井冈山革命根据地作出了重大贡献。

    因为终日繁忙，王尔琢一连几个月都顾不上理发，胡子也长得老长。一次，革命家、军事家、军事教育家，时任红四军第二十八团党代表、湘赣边特委委员何长工和他开玩笑说：“你现在满脸胡须，简直像马克思了。”王尔琢笑着答道：“革命不成功，我就不剃头、不刮胡子了！”言语中表现了他坚定的革命决心。从此，王尔琢有了个“美髯公”的称号。

    这年5 月中旬，江西的国民党军队第二十七师两个团从拿山向根据地进犯，王尔琢协助朱德率红二十八团、二十九团迎击国民党军，走在前头的红二十九团首先与敌军的先头营相遇，并将敌人打垮。王尔琢料定后面一定有大股敌军，于是立即把红二十八团换成前卫，预先在敌人必经的地方设下埋伏。翌日清晨，果然有两个团的敌人出现，王尔琢立即率队英勇出击，首先歼国民党军第八十一团，接着又冒着倾盆大雨乘胜追击，击溃国民党军第七十九团，并占领永新县城。

    红军挫败国民党赣军的两个团后，国民党军第二十七师师长杨如轩又带4个团从江西吉安进犯江西永新县，王尔琢率部主动撤出永新县城，后又根据红四军军委的命令，绕道袭击湖南茶陵县。杨如轩得知红军主力远在茶陵一带时，就派两个团向江西宁冈（今宁冈县并入江西井冈山市）进犯，还派一个团向永新县涅田方向警戒。

    正在湖南茶陵的王尔琢得知国民党军进攻宁冈的前锋已抵达龙源口后，率领部队向东杀了个回马枪，一天急行军130里，赶到敌人西进的必经之地并预先设下埋伏，向西警戒的一团国民党军根本没有想到红军会出现在这里，大摇大摆地进了红军的伏击圈，王尔琢指挥部队将国民党军包围起来，然后对国民党军组成密集火力网，激战一个多小时后，全歼国民党军并当场击毙其团长。战斗结束后，王尔琢又率兵直扑永新县城。红军攻进城门时，国民党军第二十七师师长杨如轩正在他的司令部听留声机，闻得枪声大作，才仓皇逃命，逃跑时还被流弹击伤。王尔琢率领的红二十八团英勇善战，名声大震，被称为“飞兵团”，王尔琢也被称为“飞兵团长”。战将王尔琢的名字令敌人闻风丧胆，也传遍了边界的千家万户。“王尔琢大战五斗江”的故事也广泛流传。

    这次粉碎蒋介石“进剿”的战斗，工农红军全歼国民党军1 个团，击溃2 个团，缴枪1000 余支，取得了威震湘、赣两省的空前大捷。战斗结束后，毛泽东、朱德在作战总结会上，对红二十八团给予了很高的评价。

    两打永新战斗，王尔琢高超的军事指挥艺术发挥得淋漓尽致。红四军士气空前激昂，这极大地震动了蒋介石，于是他急令湘赣两省调集部队对井冈山进行“会剿。”

    同年6月中旬，湘赣两省国民党军共10个团向井冈山发动进攻。6月23日，由朱德、陈毅率领的红二十九团、三十一团在江西永新县七溪岭将国民党军1个团包围，并将其围歼。而红二十八团在王尔琢的指挥下，顽强阻击国民党军第九师2个团的进攻，最终将国民党军2个团击溃。

    之后，王尔琢又立即率部赶往七溪岭参加聚歼战斗，配合红二十九团、三十一团将包围之敌全歼。这次战斗的胜利，使红军名声大振，当地老百姓欢唱道：“不费红军三分力，打垮江西‘两只羊’(杨如轩、杨池生)。”

    毛泽东亲起草挽联。红军在连续获得三次大捷后，为了巩固和扩大红色区域，王尔琢率领红二十八团前往与井冈山革命根据地相邻的江西安福县边境，开展群众工作。1928 年6 月下旬，中共湖南省委派代表杜修经、杨开明带着省委的指示来到边界，要红军离开井冈山，“立即向湘南发展”，强迫边界特委、红四军军委必须“毫不犹豫”地执行。对此毛泽东、朱德、陈毅、王尔琢等人坚决反对，认为此时井冈山根据地刚巩固，攻打大城市没有基础，会将大好形势白白断送。毛泽东等人决定暂不执行省委这一指示。
几天后，国民党湘军吴尚又率2个师向井冈山进攻，为阻止吴尚部队的进攻，朱德率红二十八团、二十九团出击国民党军后方——湖南酃县。然而在部队占领该县县城后，因被杜修经煽动起思乡情绪的红二十九团官兵竟贸然向湖南郴州进发。毛泽东迅速召开中共红四军军委、中共湘赣边界特委、中共永新县委联席会议，讨论对策。在会上，王尔琢第一个站起来发言，他坚决反对红四军开往湘南，说：“现在红军主力撤出井冈山是不适宜的：一是撤出后，根据地很可能保不住；二是明知湘南敌人兵力强，是有意拿鸡蛋往石头上碰。”会上，王尔琢建议红二十八团去接应红二十九团。这样朱德和陈毅率红二十八团远远跟在红二十九团之后，以备在红二十九团不测时预以援救。

    果然，7月29日，杜修经在贸然指挥红二十九团进攻郴州时，被国民党军团团围住，损失极大。当朱德、王尔琢率红二十八团赶来时，仅收容该团100余人，决定将他们重新带回井冈山。