1912年后，吕公望历任浙军第十一协协统、浙军第六师师长、嘉湖镇守使。先后参加护国战争和北伐。新中国成立后，曾任中国人民救灾总会杭州分会副主席、浙江省人大代表和政协委员。1954因病在杭州家中逝世，终年76岁。时任国家副主席的宋庆龄感念他与孙中山之间的密切关系，特地送来300元人民币作为治丧费用，以示对他的哀悼和对其家人的慰问。