1952年，常仲连调任空军十三师师长。当时该师为全国唯一的运输机师，对支援十八军进军西藏，开辟成都至甘孜航线做出了贡献。1956年，他调任防空军防空第三师师长，负责指挥广东汕头地区防空作战，首创要地高射炮机动作战方法，指挥部队先后击落敌F-84型等飞机9架，击伤38架，多次受到军委空军通令嘉奖。1958年，又调任沈阳军区空军高射炮兵指挥部司令员。1961年11月6日，沈阳空军高炮部队首创用高炮击落一架P-2V美蒋大型侦察机的战绩。他的事迹多次被《人民日报》、《解放军报》和《航空杂志》宣传报道。"文化大革命"中，他任辽宁省革委会常委、人保组组长期间，保护了一大批干部和公检法干警免遭劫难。受到地方干部和群众的赞扬。原辽宁省委书记、后任国家最高人民检察院检察长的黄火青，曾称常仲连是“真正的共产党员”。1970年，常仲连任沈阳军区空军副司令员。1983年离休。撰有《楼集焚敌垒，陈庄振军威》、《北峪鏖战记》、《三打邵鸿基》和《从高炮机动作战击落P-2V飞机战例谈几点体会》、《对空军防空混成旅作战训练中几个问题探讨》等文章。1964年晋升为少将军衔。荣获八一奖章，二级独立自由勋章，二级解放勋章和一级红星功勋荣誉章。2010年，常仲连将军病逝沈阳，终年96岁。

    在常将军火化后白色骨灰里有非常刺眼的七块残碎的弹片。这是老将军身上带着敌人的弹片离开了人世的真实见证。看着这七块弹片陪伴着老将军走过一生，所以在场的人无不感慨万千。