731部队伪装成一个水净化部队。731部队把基地建在中国东北哈尔滨附近的平房区，这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。一些研究者认为超过10,000名中国人，朝鲜人，以及联军战俘在731部队的试验中被害，但是对于数量的多少还存在争议。

    731部队归属日本陆军省、日军参谋本部和日本关东军司令部双重领导。拥有从事细菌战研究工作人员2600余人，其中将级军官5名，校级军官30余名，尉级军官300余名。从1936年到1942年7月由石井四郎中将为部队长，1942年8月到1945年2月北野政次少将接任部队长，1945年3月到同年8月石井四郎又重任部队长。它的直属各个部以及各个支队都配备佐级军官负责，对一些重要部门都配备了少将级军官负责。