为了抓赌，蒋经国亲自带队，化装成卖馄饨的小贩，捣毁了广东某国民党军中将军长开设的赌场。原本有恃无恐的地方豪强，一时间人人自危。他还要求：被抓赌徒必须在赣州公园抗日阵亡烈士纪念碑前罚跪3天。当时有一个警备司令的太太被抓，照样被罚跪，上午3小时，下午3小时，轰动了整个赣州城。
    禁娼开始，查办了几家小规模的妓院，遭到老板们的软泡硬顶。蒋经国不为所动，下令停收“花捐”，关闭妓院，同时设立妇女工厂，安排妓女从良。赣州歪风邪气自此禁绝。
    蒋经国到赣州走马上任，就脚穿草鞋，遍访赣南每个县的角落。他说：“在赣南，我一共步行了2850里路，经过了974座桥，其中有714座是要修理的。有84条路是不能走人的。”
    在赣州“除旧布新”的重点在于民生问题。1940年11月，第四区扩大行政会议制定了《建设新赣南第一次三年计划》，蒋经国提出了要在3年内实现“五有”目标：人人有工做、人人有饭吃、人人有衣穿、人人有屋住、人人有书读。
    计划实施前的赣南，150万人口中有九成以上是农民，除了矿山开采之外，全区几乎没有像样的工业。蒋经国一方面吸引沿海内迁资本到赣南开办工厂，另一方面推动成立纺织、碾米、制糖等小型工厂。

    1943年11月，美国记者艾特金森在《纽约时报》发表报道称，蒋经国的改革使得赣南地区面貌一新。此前，赣州只有3家工厂，农耕方法，赣南原本是粮食严重短缺的地方，现在的产量已足可供应10个月的消耗量，预计到1944年可完全自给自足。“中国方面的有识之士都一厢情愿地高谈中国的现代化，却只有赣南在真正地推行。”艾特金森感叹道。在他眼里，赣州是当时中国最现代化、最干净的城市。等着看笑话的人突然发现，3年计划已变成了现实。
    在赣州主政期间，蒋经国曾多次对部下说，历代王朝的倒台，究其原因，主要是吏冶不清明，官员腐败。为此，他在赣州重用了一批有能力的干部，而他最为欣赏乃至引为知己的，是上犹县县长王继春，王继春为官清正廉明，兴办教育，除暴安良，整肃陋习，勤政为民做实事。1942年底，王继春积劳成疾，住进省立医院。因一贫如冼，只能变卖家当治病。县政府汇去500元治疗费，他得知后即令勤务员汇回上犹。省立医院方嫌他小气，不给他好药吃。1943年3月，王继春病逝。
    在王继春追悼会上，蒋经国声泪俱下，宣读了题为《哭王继春之死》的悼词。他认为，王继春不是因肺结核病死的，而是被腐败的社会吞噬的。他痛斥道：“这个医院是腐败的，是今天一个腐败社会的缩影；自己只管自己，不管人家的死活。把活人治死了……人与人之间没有感情，人把人当作货物，这到底是什么世界?这到底是什么天下？”
    受个人成长经历的影响，蒋经国十分强调在艰苦环境中磨练公务员的体魄和心智。在1940年9月举办的干部讲习会中，蒋经国与学员同吃同住，每天4点起床早操。一天，他要求学员赤脚跑到新赣南农场，和农民进行体育比赛。蒋经国代表公务员第一个出场，和一个农民比赛摔跤，结果被农民摔倒在地。最后一天，学员们凌晨2：40分就吃完早饭，蒋经国带领大家在大风大雨中集合，跑上了赣州城郊最高的崆峒山（即峰山），举行结业典礼。蒋经国说：“我们这两星期的训练，最重要的是洗心的工作……。应当每个人反省自己是否把心洗干净了，是否有了洁白的良心，……。赣南没有什么特别的地方，有的就是我们新的政治作风。” 蒋经国在赣州任期，还创办了中华儿童新村、正气中学和《正气日报》，制定了《新赣南家训》等。