全国解放后,1954年10月,晏福生任中共湖南军区党委书记。1963年春,又调任广州军区副政委、军区党委监委书记。
1966年,“文化大革命”开始。由于晏福生在军区党委常委会议上曾多次对军区某领导(林彪死党)提出过严厉批评,遭到打击报复,被内定为“贺龙死党”。十一届三中全会后,晏福生又回到了他的岗位。1984年4月,正在工作中的他因冠心病突发,不幸在广州逝世,终年80岁。