由于准备周密充分，一审审判环节非常严谨，不但符合法律程序，而且做到了证据确凿。其中有一百多人在法庭出示了证言，这当中有江西省省长舒圣佑以及数十位地、市、县级领导干部的证言在法庭出示。而江西省粮食局局长徐新民、南昌市公路运输管理处处长王健则作为证人出庭作证。至于公诉人指控的1993年至1995年，胡长清先后3次收受海南省三亚市国税局干部符某1·３万元，并利用职权及地位形成的便利条件，为符某的职务升迁，向海南省国税局筹备组负责人打招呼，要求提拔符某一事，法庭经过调查认为，胡长清1993年已离开国家税务局另任他职，其地位和职权不足以影响到三亚国税局干部的提升。而且符某是1996年以后按正常程序被提拔的，胡长清为其职务升迁打招呼证据不足，符送给胡长清及其妻子的钱属于朋友间赠予，不能认定为受贿，该起指控不能成立。

　　2000年2月15日下午，审判长宣读了长达1小时50分钟的判决书，宣布对胡长清判处死刑，剥夺政治权利终身。法警立即给胡长清戴上手铐。当时胡长清神情木然，面容僵硬，目光呆滞。 随后，在等待判决书当场送达时，记者问他是否想到了这个判决结果，胡长清回答说："没有。一审合议庭没有考虑我主动交代罪行和积极退回赃款赃物的情节，我还要上诉? 胡长清上诉后，江西省高级法院组成以副院长康为民为审判长的合议庭进行二审。

　　3月1日，二审结果出来了：胡长清案维持一审的死刑判决。同时，胡长清被判决认定索贿受贿544万元，行贿8万元，巨额财产161万元不能说明合法来源。认定胡长清及家庭的合法财产中，除历年工资福利积蓄，另有胡长清，出版书法挂历、台历，撰稿以及参加笔会，兼职授课获利等。 最后几天 ，胡长清一审被判死刑后，按监管规定，立即给他在监号内戴上了脚镣。 这时，胡长清提出了三点要求：一是想见妻子儿女；二是希望能够得到纸和笔，他要给中央写申诉材料；三是不要在监号内戴脚镣，因为这么多人看着他，不会有什么问题。法院同意了前两点要求，但第三点没有采纳。法院方面说这既是为了安全，也是为了体现法律面前人人平等。

　　3月5日，胡长清在看守所接受了中央电视台《新闻调查》记者的采访。在近两个小时的访谈中，胡长清时而声泪俱下，时而感慨系之，时而追悔叹息。 他回顾了自己的人生道路，总结了自己犯罪的原因和教训。同时他恳请有关人员转达他的渴求："救救我这个大罪人，给我判个死缓，给我一个改造的机会，我永远铭记党的恩情，感谢党的政策。"

　　3月6日，胡长清和妻子儿女在看守所会见。胡长清问妻子退休手续办了没有，说本来想你退休后能在一起团聚，现在看来没有机会了。

　　2000年3月8日上午8时05分，江西省看守所。

　　正坐在监号里看另外一些在押人员打扑克的胡长清被提出监号。

　　在一间普通会议室里，审判长向胡长清宣读了最高法院的死刑复核裁定书。胡长清从座椅上站起来，走到书记员跟前，在送达书上签下了自己的名字和意见，又回到了座椅上。审判长说："最高法院已于昨天下达了对你执行死刑的命令，你还有什么遗言要向家里交待？"胡长清语气低沉地表达了两点意见：一是判刑太重，二是希望按照有关法律规定，在没收他的财产时，给他家属留下一部分。

　　8点30分，胡长清被拍照验明正身。

　　8点43分，刑车到达刑场。

　　8点46分，随着一声枪响，胡长清扑倒在了枯草地上。